ההבדלים בין יונה זכר לנקבה אינם תמיד ברורים לעין, אך ישנם כמה סימנים שיכולים לעזור להבדיל ביניהם:
גודל וצבע: באופן כללי, היונים הזכריות נוטות להיות גדולות יותר מהנקבות. הן גם עשויות להיות בעלות צבעים בהירים ומבריקים יותר, במיוחד באזור הראש והצוואר.
ההתנהגות: הזכרות לרוב מציגים התנהגות חיזור בולטת יותר, כמו ריקוד או הצגת נוצות צבעוניות. הם עשויים לנפנף בכנפיהם או לייצר קולות חיזור רמים כדי למשוך את הנקבה.
הקול: הזכרות בדרך כלל משמיעים קולות חיזור חזקים יותר ולעיתים מקישים את ראשם כנגד האדמה או במקומות גבוהים.
צורת הגוף: גם הצורה הכללית של הגוף יכולה להיות שונה, כאשר הזכרות בדרך כלל עם גוף יותר רחב ויציב בעוד שהנקבה יכולה להיות יותר קטנה וקומפקטית.