הצבעים צהוב ושחור בדגל של בית"ר ירושלים מסמלים את הקשר העמוק של המועדון לתנועת בית"ר (ברית יוסף תרומפלדור) ולערכיה הלאומיים והציוניים.
צהוב: מסמל תקווה, אור, וחזון, המבטאים את השאיפה הציונית והאמונה בעתיד טוב יותר.
שחור: מסמל את האבל והזיכרון על אלה שנפלו במאבק הלאומי, בדגש על יוסף תרומפלדור וחבריו שנפלו בקרב תל חי, שעל שמם נקראת התנועה.
צבעים אלו מייצגים את הרוח הלאומית והערכים עליהם המועדון ותנועת בית"ר הוקמו.