הצורה הנכונה היא "שני בתי כנסיות". כאשר שם העצם מורכב מצירוף סמיכות, כמו "בתי כנסיות," המספר מתייחס לחלק הראשון בצירוף ("בתי"), שהוא ברבים של המילה "בית" (זכר). לכן, יש להשתמש בצורה הזכרית של המספר, כלומר "שני".
אם אתם רוצים אפשר ומומלץ גם להגיד שתי כנסיות .